洪武三十一年（1398年），朱元璋死，明惠宗朱允炆继帝位，燕王朱棣遂于北平起兵，自诩“靖乱”之师，起兵攻打朱允炆，朱允炆逃而不知所终。建文四年（1402年）攻破南京，即皇帝位。

此后，朱棣将首都从南京迁到北京，主要有三方面原因。

其一，朱棣的封地在北京。

朱棣在靖难之役前，是燕王，封地在北京，朱棣在这里经营很多年了。把首都迁往自己封地，有利于加强统治。

朱棣是谋反上位的，而他能造反成功，是因为他拥有一定的军事实力。当时明朝为了防范草原上的北元，在北方的封王也更有实力。朱棣迁都北京，有利于震慑他们。

其二，北京有利于抗衡游牧民族骑兵。

明朝初年主要边患就是北方草原上的游牧民族势力，历史上中原王朝的主要威胁也是来源于北方。中原王朝在国都选择上，基本上都是关中地带和中原地带，只有偏安一隅的王朝才在南方定都。

南京离长城沿线太远，一旦边境有警，很难做出快速反应。从南京派军队奔赴长城沿线，距离太远，后勤补给是个问题。

如果不从南京派兵，直接加强长城沿线的军镇，提高地方军的作战能力，又会直接威胁到中央朝廷。说不定边患未起，领兵的将军先来打自己了。

把国都从南京迁往北京，有利于朝廷军队迅速做出反应，“卧榻之侧，岂容他人鼾睡。”卧榻之侧有潜在的敌人，朝廷时常处于警惕之中。

其三，地理因素。

北京虽然地处前线，但北京北面的山脉构成了天然屏障，草原骑兵虽然离得近，却不容易直接威胁国都。

北方山脉和长城，共同拱卫了京师。从京师向东不远，山海关也可以直接遏制来自东北的威胁。以北京为都，有利于国土防御。