至元十四年(1277)，元朝政府在攻取浙、闽等地后，立即在泉州、庆元(今浙江宁波)、上海、澉浦(今属江海盐)四处港口设立市舶司，全权管理海外贸易、进出口征税等事，等于现代的海关。

后来又陆续添设广州、温州、杭州三处。经过裁併，到13世纪末，只在庆元、泉州、广州三处港口设置市舶司。 

市舶司由行省直接管辖。每司设提举二人，从五品。元朝政府曾在中央设立泉府司(院)，管理替国家经营买卖的商人，同时也经管市舶司事务，但为时不长。

市舶司的主要职责是：根据国内船舶商人的申请，发给出海贸易的证明(公验、公凭)；对准许出海的船舶进行检查，察看有无挟带金、银、铜钱、军器、马匹、人口等违禁之物。 

船舶从海外回港途中，市舶司派人前去封堵(封存货物)，押送回港﹔抵岸后，差官将全部货物监搬入库，并对全体船员进行搜检，以防私自夹带私货；将带回的商品抽分，细色(珍贵品)十取一，粗色(一般商品)十五取一。后改为细货十取二，粗货十五取二。

另征收舶税，三十取一。之后，货物发还舶商自行出售。对于来中国贸易的外国商船，市舶司也采取类似的管理办法。市舶司的收入甚多，仅至元二十六年，就向元朝政府上交珠四百斤，金三千四百两。当时人说市舶收入是“军国之所资”，可见它在元政府财政开支中占有重要地位。

市舶司初建时，一般均沿用南宋制度，日久弊生，严重影响市舶收入。至元三十年，元政府制订了《整治市舶司勾当》的法则二十二条。延佑元年(1314)，又修订颁布了新的市舶法则二十二条。这两个法则，对市舶司的职责范围作了明确的规定，其目的是为了加强政府对海外贸易的控制，增加更多的收入。

元代的市舶法则比宋代更为严密，说明封建国家在管理海外贸易方面已经具有更为丰富的经验。但是，贵族官僚常常带头破坏规定，使它流于空文。

元代见于记载的与中国建立海道贸易关系的国家和地区在一百个以上，东起日本、高丽(今朝鲜)，西至东北非和西南亚。进口的舶货，种类繁多。据庆元市舶司的资料，细色一百三十余种，粗色约九十种，共两百二十馀种，主要是香料、药材、布匹、宝物等。

经市舶司允许出口的货物，有纺织品、陶瓷器、日常生活用品等。海外贸易的开展，有助于中外经济、文化的交流。市舶司的设立，使海外贸易趋于制度化，初期起过一定的积极作用。但市舶司也存在官僚机构的种种弊端，元代中期以后特别明显。